電泳儀分類有多種。
1、按分離目的可分：實驗室電泳儀和工業電泳儀。
2、按分離原理可分：色譜電泳儀、區帶電泳儀、凝膠電泳儀、等電聚焦電泳儀、等速電泳儀和移動界面電泳儀（自由電泳儀）等。
3、按分離裝置可分：毛細管電泳儀、芯片電泳儀、U型管電泳儀、紙電泳儀、薄膜電泳儀、薄層電泳儀、平板電泳儀和圓盤管式電泳儀等。
4、按分離對象的離子屬性可分：無機離子電泳儀和有機離子電泳儀。
5、按分離對象的荷電性質可分：陰離子電泳儀、陽離子電泳儀和中性分子電泳儀。
6、按分離對象的屬性可分：無機物電泳儀和有機物電泳儀。
7、按分離化合物的分子量可分：小分子化合物電泳儀和大分子化合物電泳儀（高分子化合物電泳儀）。
8、按分離規模可分：微型電泳儀、小型電泳儀和大型電泳儀。
9、按功能可分：分析型電泳儀和制備型電泳儀。
10、按作用可分：定量分析電泳儀和定性分析電泳儀。
11、按進樣自動性可分：手動進樣電泳儀和自動進樣電泳儀。
12、按操作方式可分：連續電泳儀和非連續電泳儀。
13、按電泳次數和方向可分：一維電泳儀和二維電泳儀（雙向電泳儀）等。
14、按應用范圍可分：專用電泳儀和通用電泳儀。
15、按產地可分：國產電泳儀和進口電泳儀。
16、按有無載體可分：載體電泳儀和無載體電泳儀。
17、按載體位置可分：水平電泳儀和垂直電泳儀等。
18、按pH連續性可分：連續pH電泳儀和非連續pH電泳儀。
19、按分離后物質是否變性可分：變性電泳儀和非變性電泳儀。
20、按電泳方式可分：端電極電泳儀和搭橋電泳儀。
21、按電壓可分：低壓電泳儀和高壓電泳儀。
22、按電源控制可分：恒壓電泳儀、恒流電泳儀和恒功率電泳儀。
23、按用途可分：生物電泳儀、制藥電泳儀、化工電泳儀、食品電泳儀、蛋白質電泳儀、多肽電泳儀、氨基酸電泳儀、核酸電泳儀、酶電泳儀、DNA測序電泳儀、基因電泳儀、細胞電泳儀、生物活性分子電泳儀、糖類電泳儀、抗生素電泳儀、維生素電泳儀、兩性離子電泳儀、科研型電泳儀、臨床型電泳儀、醫用電泳儀、血液電泳儀、血清電泳儀、血漿電泳儀、免疫電泳儀、手性對映體電泳儀、農藥電泳儀、獸藥電泳儀、土壤電泳儀和水質電泳儀等。
